참조site> http://pnpk.net/cms/archives/200

Using Junction
Usage: [-s] <directory or file name>
-s Recurse subdirectories
If you want to create or delete a junction, use Junction like this:
Usage: [-d] <junction directory> [<junction target>]
To delete a junction specify the -d switch and the junction name.

예를 들어..
원래의 경로가
C:\junction\test
심볼릭링크 하고 싶은 경로가
C:\junction\test2
일 경우에 심볼릭링크 설정은 다음과 같이 하면 OK
(junction폴더는 생성 후 test2폴더는 생성하지 않는 상태에서 한다.)
junction.exe C:\junction\test2 C:\junction\test
심볼릭링크를 삭제할 때는 아래 명령을 입력하면 된다. 
junction.exe -d C:\junction\test2